Het onderzoek aan de faculteit is ondergebracht in acht onderzoeksprogramma's die thematisch georganiseerd zijn rond actuele maatschappelijke uitdagingen op het terrein van Law and Governance. De onderzoeksprogramma’s werken met elkaar samen in het Kooijmans Institute for Law and Governance. Daarnaast participeren onderzoekers uit deze programma’s ook in andere onderzoeksinstituten van de Vrije Universiteit.